Brote inicial en México
No se sabe dónde se originó exactamente la cepa de virus H1N1 causante de la pandemia de gripe de 2009. Los análisis sugieren que la cepa H1N1 responsable del brote de México evolucionó en torno a septiembre de 2008 y se distribuyó entre la población humana durante varios meses antes de que los primeros casos fueran identificados como procedentes de una nueva cepa.
Como brote de gripe, se detectó por primera vez en Ciudad de México el 18 de marzo de 2009, cuando los datos de vigilancia de la gripe mostraron un aumento significativo de la enfermedad y un agravamiento de los síntomas.
A principios de abril, México descubrió que había un número elevado de enfermedades respiratorias graves y algunas muertes debidas a ellas. Se inició el envío de muestras a Canadá y Estados Unidos, para solicitar ayuda en el descubrimiento del genotipo del nuevo virus. El Secretario de Salud de México, José Ángel Córdova, confirmó que un niño de 4 años había sido víctima del brote en el estado de Veracruz.
Los residentes de la ciudad de Perote, preocupados por la nueva y agresiva gripe, se manifestaron públicamente en contra de una granja de cerdos a la que culpaban de su enfermedad. Los laboratorios de Estados Unidos confirmaron un brote de gripe en las muestras del niño de Veracruz que los funcionarios mexicanos les habían enviado. Si bien se especuló que el brote podía haber empezado en la planta porcina de Veracruz, los propietarios dijeron que los cerdos no habían dado positivo por virus H1N1.
Después de que el brote se anunciara oficialmente, México inmediatamente solicitó apoyo material de Estados Unidos y Canadá, y trabajó en estrecha colaboración con los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC), proporcionando muestras sospechosas para que les realizaran pruebas. Poco después, los CDC ayudaron a Mexico a construir los medios para hacer un diagnóstico rápido y confirmar los casos de virus H1N1.
En pocos días, todas las actividades públicas de Ciudad de México se paralizaron, y algunos países cancelaron los vuelos con destino a México, mientras que otros detuvieron el comercio con dicho país. Aunque en Estados Unidos hubo muchas voces que pidieron el cierre de la frontera con México para ayudar a contener la propagación de la enfermedad, las autoridades rechazaron la idea ya que el virus había cruzado la frontera hacia Estados Unidos y su cierre hubiera provocado cuantiosos daños económicos en ambos países.
Al extenderse el brote en Estados Unidos se comprobó que la enfermedad no afectaba de forma tan grave ni provocaba tantas muertes como en México. Una de las teorías para la mayor tasa de mortalidad en México es que la enfermedad pudiera haber estado mucho más extendida de forma silenciosa en zonas muy pobladas.
Un estudio publicado el 11 de mayo de 2009 en la revista Science estimaba que México podía tener 23000 casos de la nueva gripe el 23 de abril de 2009, día en que se anunció la epidemia. El 1 de mayo de 2009, los CDC propusieron como explicación que en México había muchos más casos de los detectados, la mayoría leves, pero al centrarse solo sobre los que provocaban síntomas graves la tasa de letalidad parecía mayor.